Συγκοινωνιακά το νησί εξυπηρετείται τρεις φορές την εβδομάδα με επιβατηγό-οχηματαγωγό πλοίο και συνδέεται με τα νησιά Κάλυμνο έως Πυθαγόρειο Σάμου και επιστροφή. Δύο φορές με ταχύπλοο πλοίο από Λέρο μέχρι Πυθαγόρειο Σάμου και επιστροφή. Δύο φορές εβδομαδιαίως με ταχύπλοο καταμαράν από Πυθαγόρειο Σάμου – Αγαθονήσι μέχρι Κω με ενδιάμεσους προορισμούς και επιστροφή. Καθώς και 2 φορές εβδομαδιαίως από Ρόδο έως Αγαθονήσι με ενδιάμεσους προορισμούς και επιστροφή με ταχύπλοο καταμαράν.